Der Entwurf des Orgelgehäuses stammt von Architekt und Baumeister Hugo Duderstädt. Die historische Orgel der Kirche Börnichen wurden von Hermann Eule in seiner Orgelbauwerkstatt in Bautzen im Jahr 1901 als neu erbaut (Opus 86 und am 12. Mai, 7 Monate nach der Kirchweihe, eingeweiht. Das Orgelgehäuse kostete 480,00 Mark, die Orgel selbst 4.365,00 Mark und die Leiter 2,00 Mark. Die Maler- und Lackiererfirmen Franz Panizza und Röder aus Chemnitz ölten, beizten und wachsten das Gehäuse und setzten Vergoldungen. Dafür fielen Kosten in Höhe von 175,00 Mark an. Letztlich erfolgte noch die Abnahme der Orgel durch Kantor Krönert aus Grumbach, die Kosten dafür betrugen 30,00 Mark. Die Orgel befindet sich auf der Orgelempore an der Westseite des Kirchenraumes und hat 2 Manuale und Pedal und 13 register, dazu 3 Nomalkoppeln und 2 feste Kombinationen mf und Tutti. Es ist die erste Orgel, die Hermann Eule nach dem Taschenladensystem von Friedrich Witzig mit stehenden Taschenventilen und rein pneumatischer Traktur erbaute. Das Gehäuse wurde aus Nadelholz gefertigt, flächig gestaltet und dunkel gebeizt. Sparsam sind reliefartige Zierelemente, Profile, farbige Zier- und Goldkanten angebracht. 1917 wurden für den 1. Weltkrieg die 27 Prospektpfeifen aus hochwertigem Zinn requiriert und später durch Zinkpfeifen mit Silberfarbanstrich (Register Principal 8‘ und Principal 4‘) ersetzt. Insbesondere durch Holzwurmbefall entstanden an dem Instrument viele Schäden. Mit den Arbeiten zur Sanierung der Orgel wurde Anfang Oktober 2018 begonnen. Alle Teile wurden vollständig ausgebaut, gereinigt und instand gesetzt. An den Windladen und Kanzellendeckeln wurden starke Holzwurmschäden festgestellt. Zur Beseitigung wurden die zerstörten Windladenteile ausgefräst und die Kanzellendeckel inklusive der Belederung erneuert. Am Orgelgehäuse wurden auf der Außenseite Beschädigungen ausgebessert und an der Gehäuserückwand eine Dreischichtplatte angebracht, um die Orgelrückwand im unteren Bereich zu stärken und so das Orgelinnere besser vom Turmaufgang zu trennen. Durch die Anschaffung eines neuen Schwimmerbalgs, konnte der Abfall des Winddrucks deutlich verbessert werden, was sich auf das Klangerlebnis positiv auswirkt. Dank der großzügigen Spenden der Kirchgemeindeglieder konnte der Kirchenvorstand die Rekonstruktion der Prospektpfeifen im Nachgang beauftragen. Das Instrument wurde damit wieder in den 100%igen Originalzustand versetzt und kann nun auch klanglich wieder den Originalzustand erzeugen. Des Weiteren wurden notwendige Elektroarbeiten am Spieltisch ausgeführt. Die gesamte Elektrik im Spieltischbereich wurde erneuert. Die Gesamtkosten dieser Generalsanierung betragen 44.033 Euro. Bezuschusst wurden diese Kosten durch den Freistaat Sachsen mit Denkmalfördermittel in Höhe von 20.007 Euro. Die restlichen Mittel wurden von der Kirchgemeinde aufgebracht. Die sächsische Landeskirche hat sich leider nicht an der Finanzierung beteiligt.